===== Software 2011===== Ana Karina Velez, Irene Tischer (2011). **PDS (Protein Data Selector) ** Registro (Radicación): 1-2011-40988. Agosto, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Seleccionar datos proteicos de intenet, con criterios restringidos por el usuario Nestor Milciades Diaz, Irene Tischer (2011). **Framework computacional para el diseño inverso de modelos de automata celular a partir de trayectorias de plegamiento de proteina ** Registro: 13-29-418. Agosto, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ Adrian Lasso, Kenny Rodriguez, Irene Tischer (2011). **Simulador de código genético usado en la expresión de proteínas, en cuanto a su capacidad de minimizar los efectos causados por mutaciones genéticas, usando simulación y procesos de modelación. ** Registro: 13-29-424. Agosto, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Una herramienta desarrollada en java, que nos ayuda a analizar el código genético universal. Margot Cuaran, Irene Tischer (2011). **MIMO: Modelo para Identificación de Motivos Cis-reguladores en secuencias ADN Eucariotas. ** Registro: 13-29-190. Mayo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: MIMO es un software que emplea un modelo probabilístico que combina los modelos ocultos de markov con probabilidad de distribución multiespacial y los generalizados. los elementos del promotor como la caja tata, caat y gc se identifican alrededor del sitio de comienzo de la transcripción de adn, mediante información estadística provista por el método de matrices de peso. Luis Garreta, Irene Tischer (2011). **Interfaz Gráfica de Usuario para entrenamiento, predicción y visualización de genes. ** Registro: 13-29-189. Agosto, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia. Luis Garreta, Irene Tischer (2011). **Uso de fuentes externas bioinformaticas para retroalimentar la etapa de prediccion de un buscador de genes.** Registro: 13-29-406. Mayo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia. Hector Espitia, Pedro Moreno, Irene Tischer (2011). **Genomamf. ** Registro: 13-28-383. Abril, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Software de bioinformática para el análisis multifractal en secuencias de adn y proteínas. permite determinar, discriminar y comparar regiones de genomas con alto con contenido de información genética de regiones con bajo contenido de información genética de manera automatizada. Mauricio Ciprián, Pedro A. Moreno, Irene Tischer (2011). **Software para el ensamblaje y alineamiento de secuencias metagenomicas de manera distribuida usando computación pública o voluntaria. ** Registro: 13-28-352. Marzo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia. Nilson Mossos (2011). **FINDRELATION2SEQ: Find relation between sequence's pairs. ** Registro: 13-28-323. Marzo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Findrelation2seq (del ingles find relation between sequence's pairs) es una herramienta de software que permite identificar relaciones entre pares de secuencias (x; y ), donde x son secuencias sobre un alfabeto 1 y y son secuencias sobre un alfabeto 2. Estas relaciones son expresada como una regla p => q, que se leen como p (antecedente) deriva a q(consecuente). p es una subsecuencia sobre el alfabeto 1 y q una subsecuencia sobre el alfabeto 2. Oscar Restrepo (2011). **Software para la extracción, transformación, almacenamiento y visualización de los datos genómicos alrededor de los sitios de integración de los retrovirus en el genoma humano. ** Registro: 13-24-216. Marzo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: El software es una aplicación web desarrollada en el lenguaje de programación java y que usa una base de datos postgres para la extracción, transformación, almacenamiento y visualización de los datos genómicos alrededor de los sitios de integración de los retrovirus en el genoma humano. Hernan David Ramirez, David Molina, Irene Tischer (2011). **Aplicación para la determinación de las proteínas donde el TAX de un retrovirus puede acloparse. ** Registro: 13-28-330. Marzo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Software to determine a possible interaction between the TAX of a retrovirus and proteins, based on public databases and a ligand-proteín simulation. Mauricio Martinez, Irene Tischer (2011). **Dinámica molecular incremental para la generación de configuraciones iniciales en la predicción de plegamiento de proteínas. ** Registro: 13-28-330. Marzo, 2011. Dirección Nacional Derechos del Autor. Colombia.\\ __Description__: Implementación de un producto software donde se aplica el método de dinámica molecular incremental (diseñado por los autores) por medio del cual se busca generar configuraciones iniciales cercanas a las que tiene la proteína en su estado nativo y de esta manera hacer mas eficiente el proceso de predicción de estructura secundaria.