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-====== Diplomado Bioinformática y Genómica Computacional 2016 ====== 
-[[http://bioinformatica.univalle.edu.co/lib/exe/fetch.php?media=diplomado:diplomado-bioinfo-2016-informacion.pdf|Información]] 
  
-[[diplomado:diplomado|Más información...]]+====== Our Group ====== 
 +Our [[https://www.youtube.com/watch?v=v1cTNhiZ2_c bioinformatics]] research group is located at the [[https://www.univalle.edu.co|Universidad del Valle]], Cali, Colombia. We are fascinated by microbiological and human genome questions and their complexity, and seek to contribute to their analysis and solution. We belong to the Computer Science Department ([[http://eisc.univalle.edu.co/|EISC]]) of our university, therefore our approaches are mainly informatics and computer oriented. \\ \\ Our main topics [[https://www.youtube.com/watch?v=0mqz94bRma8&t=30s|omics]][[https://www.youtube.com/watch?v=_AQMTJwLoqI|analyses]], gene finding and [[https://www.youtube.com/watch?v=gg7WjuFs8F4|protein structure prediction]], where we apply [[https://www.apd.es/tecnicas-de-la-inteligencia-artificial-cuales-son-y-para-que-se-utilizan/|artificial intelligence methods]], based on machine learning, [[https://www.youtube.com/watch?v=9RN2Wr8xvro|neural networks]] as well as data mining techniques, [[https://www.youtube.com/watch?v=ovJcsL7vyrk&t=84s|chaos theory approache (fractal and multifractal analysis)]], statistical analysis, and FPGA technology. We also work on [[https://www.youtube.com/watch?v=BC9sxqAEs2s|metagenomics]] to analyze Colombian Andean environments and human  health problems, such as breast cancer. Generally, our results include software and hardware tools which allow other users to apply our approaches to their specific context.  \\ \\ Our group is interdisciplinary, made up of professors, graduate and undergraduate students from different disciplines, especially from computer science, biology, and health sciences. That's why we feel capable to face complex problems using both: biological state-of-the-art knowledge and advanced computational methodologies. 
 +---- 
 +More information about our group at:\\ [[https://scienti.minciencias.gov.co/gruplac/jsp/visualiza/visualizagr.jsp?nro=00000000000759| GrupLac]], MinCiencias, Colombia.
  
-[[http://bioinformatica.univalle.edu.co/lib/exe/fetch.php?media=diplomado:diplomado-bioinfo-2016-informacion.pdf|{{diplomado:diplomado-bioinfo-2016-poster1.png}}]]+====== People ====== 
 +|[[people:people|Leaders]]| [[people:people|PhD]]| [[people:people|Master]]| [[people:people|Undergraduate]]|[[people:people|We wait for you here!]]|Lab´s pictures]]
  
 +|{{:visita_ashwin.png?200|}}\\ MFA and human genome project-2007||{{:proyecto_gebix.png?200|}}\\ GeBiX project-2012||{{:dscn6962.jpg?200|}}\\ Breast cancer and Omics I project-2015||{{:fpga.gif?200|}}\\ Human genome FPGA project-2018||{{:nature.png?200|}}\\ Cenicaña project-2018|{{:nueva_docente_velez.jpg?200|}}\\ Human gene regulation project-2018||{{:eisc-table.png?200|}}\\ EISC teachers and students-2019||{{:met_3d.png?200|}}\\ In silico antimalarial molecules project-2020||{{:protein_folding_2_.jpeg?200|}}\\ Protein folding project-2021||{{:reunion_proj_enfs_raras.jpeg?200|}}\\ Rare diseases project-2022||{{:riabio2023.jpeg?400|}}\\ RIABIO network project-2023|{{:xxxx |}}\\ Breast cancer and Omics II project-2023||{{:xxxx |}}\\ ALAN project-2023||
  
  
  
-====== Our Group ====== 
-Our research group is located at the [[http://www.univalle.edu.co/estatica/index-desplegables.html|Universidad del Valle]], Cali, Colombia. We are fascinated by microbiological questions and their complexity, and seek to contribute to their analysis and solution. We belong to the Computer Science Department ([[http://eisc.univalle.edu.co/|EISC]]) of our university, therefore our approaches are mainly informatics and computer oriented. \\ \\ Our main topics include gene finding and protein prediction, where we apply artificial intelligence methods, based on machine learning, as well as data mining techniques. We also work on metagenomics to analyze Colombian Andean environments. Generally, our results include software tools which allow other users to apply our approaches to their specific context.  \\ \\ Our group is interdisciplinary, made up of professors, graduate and undergraduate students from different disciplines, especially from computer science and biology. That's why we feel capable to face complex problems using both: biological state-of-the-art knowledge and advanced computational methodologies. 
----- 
-More information about our group at:\\  [[http://201.234.78.173:8080/gruplac/jsp/visualiza/visualizagr.jsp?nro=00000000000759| Bioinformática y Biocomputación]], COLCIENCIAS (Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación), Colombia. 
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-====== People ====== 
-|[[people:people|Leaders]] | [[people:people|PhD]]| [[people:people|Master]]| [[people:people|Undergraduate]]| 
 ====== Research Fields ====== ====== Research Fields ======
 Our group works in several research fields as listed below. Our overall goals in all fields are: improve computational analysis and prediction in our specific research fields; contribute to bioinformatics education at undergraduate, master and PhD level; and support with a strong informatics approach,  bioinformatics and computational biology research.  Our group works in several research fields as listed below. Our overall goals in all fields are: improve computational analysis and prediction in our specific research fields; contribute to bioinformatics education at undergraduate, master and PhD level; and support with a strong informatics approach,  bioinformatics and computational biology research. 
  
- <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Gene modeling and prediction** >+<hidden> 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Gene modeling and prediction** >
 **Objective:** Develop and analyze models and algorithms for gene analysis, prediction and gene or genome comparison based on informatics methodologies.\\ **Objective:** Develop and analyze models and algorithms for gene analysis, prediction and gene or genome comparison based on informatics methodologies.\\
 **Recent developments:** \\ **Recent developments:** \\
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 **Recent developments**\\ **Recent developments**\\
 * Development of new  metagenome assembly algorithms based on partial sequence information.\\ * Development of new  metagenome assembly algorithms based on partial sequence information.\\
-* Algorithms and models in order to identify genome data of microorganisms i a metagenome.\\+* Algorithms and models in order to identify genome data of microorganisms and metagenomes.\\
 * Gene finding in metagenomes.\\  * Gene finding in metagenomes.\\ 
 </hidden> </hidden>
Line 56: Line 51:
 * Public computation in bioinformatics.\\ * Public computation in bioinformatics.\\
 * Virtual machines in bioinformatics.\\ * Virtual machines in bioinformatics.\\
 +* Frameworks for NGS workflows.\\
 +</hidden>
 +
 + <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Omics sciences ** >
 +**Objective:** Develop software and analysis tools for the construction and computational analyses of genomes, exomes, transcriptomes, metagenomes, etc., applied to Colombian environmental and health problems.\\
 +**Recent developments**\\
 +* Development of new  framework for exomes analyses in breast cancer samples.\\
 +* Algorithms and models in order to identify exomes data of patients with breast cancer.\\
 +* Finding of genes and variations in the breast cancer exome.\\
 +https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-43033-1_1 
 +</hidden>
 </hidden> </hidden>
  
 ====== Research Projects ====== ====== Research Projects ======
 +<hidden>
  
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **A metagenomics bioinformatics platform for characterization and exploitation of genetic resources in Colombian extreme environments.** Centro de Investigación de Excelencia en Genómica y Bioinformática [[http://www.gebix.org.co|GeBix]], 2008-2013.> +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Análisis Ómico, Multifractal y Ancestría En Medicina Personalizada y de Precisión con Impacto en el Cáncer de Mama></hidden> 
-Original title: "Conformación de una plataforma en metagenómica y bioinformática para la caracterización y aprovechamiento de recursos genéticos de ambientes extremos".\\+ 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Implementación y evaluación de un modelo predictivo de asociación genómica para Enfermedades Raras basado en configuraciones de repeticiones ADN y variantes estructurales></hidden> 
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **UTILIZACIÓN DE UNA ESTRATEGIA MULTIDISCIPLINARIA PARA LA IDENTIFICACIÓN DE NUEVOS COMPUESTOS HETEROCÍCLICOS SINTÉTICOS CON ACTIVIDAD ANTIMALÁRICA (2021 - 2024)></hidden> 
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Análisis de imágenes de pacientes con ca. mamario mediante IA**. Vélez PE., Spetale F., Tapia E., Moreno PA. (2021 - Sent to the RIABIO network)></hidden> 
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Platform in omics sciences and breast cancer health states (Phase II) and modeling with artificial intelligence techniques.** Universidad del Cauca, Universidad del Valle; Bioinformatics and Biocomputation,(2021-2024)> 
 +Original title: "PLATAFORMA EN CIENCIAS ÓMICAS DEL CÁNCER MAMARIO, SUR-OCCIDENTE (FASE II) Y MODELAMIENTO CON TÉCNICAS DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL ". \\ Convocatoria 890 - MinCiencias. Universidad del Valle. 
 +</hidden> 
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **RIABIO: RED IBEROAMERICANA DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL PARA BIG BIODATA** (2021-2024)> 
 +Original title: "RED IBEROAMERICANA DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL PARA BIG BIODATA (RIABIO)  ". \\ 
 +Cyted es el Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo, creado por los gobiernos de los países iberoamericanos para promover la cooperación en temas de ciencia, tecnología e innovación para el desarrollo armónico de Iberoamérica. http://www.cyted.org/es/noticias/redes-y-proyectos-aprobados-convocatoria-2020.  
 +The network is made up of 10 countries, 35 research groups (3 from Colombia) and 172 researchers. Research, workshops, training for young researchers and graduate students will be held here. The network will apply to collaborative research projects to obtain funding for the indicated activities, among others. {{ :red_riabio.png?200 |}} 
 +</hidden>  
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Platform in omics sciences and breast cancer health states, Cali, Valle del Cauca, Occident.** Plataforma en ciencias omicas del cancer mamario, Cali, Valle del Cauca, occidente. [[http://eiscapp.univalle.edu.co/omicas|Omicas]], 2015-2020. > 
 +Original title: "Implementación plataforma en ciencias omicas y salud del cancer mamario, Cali, Valle del Cauca, occidente.".\\ 
 +**Resumen:**  La presente propuesta de investigación de macro-proyecto en Fase II de pre-inversión, prefactibilidad para su financiación por el Sistema General de Regalías (SGR) en modalidad de investigación básica-aplicada se encuentra enmarcada de acuerdo a la agenda nacional de CTeI, las agendas departamentales del Valle, Cauca, Chocó y Nariño y las municipalidades de Cali, Buenaventura, Popayán, Guapí, Quibdó, Pasto y Tumaco involucradas. Las actividades de ciencia, tecnología e innovación (ACTI) a desarrollar se enmarcan en Investigación y desarrollo experimental. 
 +La plataforma es liderada por la Universidad del Valle e integra la experticia de 3 grupos de investigación, pertenecientes a la Universidad del Valle y uno de la Universidad del Cauca. La plataforma propende contribuir al desarrollo integral en CTeI de cada uno de los grupos de investigación involucrados y al entendimiento de la génesis del Ca mamario en el SO del país. A su vez, la plataforma se apoya en la colaboración de algunos Hospitales Dptles., Clínicas, Secretaría Dptal. de Salud del Valle, Universidades y de las personas involucradas en el estudio y localizadas en las municipales citadas arriba. Royalties project granted by the Gobernación del Valle and National System of Royalties. Research Grant #2013000100297.  
 +</hidden> 
 + 
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **A metagenomics bioinformatics platform for characterization and exploitation of genetic resources in Colombian extreme environments.** Centro de Investigación de Excelencia en Genómica y Bioinformática [[http://www.gebix.org.co|GeBix]], 2008-2016.> 
 +Original title: "Conformación de una plataforma en metagenómica y bioinformática para la caracterización y aprovechamiento de recursos genéticos de ambientes extremos".Colciencias Biotechnology Research Grant #6570-392-19990\\
 **Resumen:**  Colombia se considera uno de los países con mayor diversidad en el planeta y por consiguiente posee un recurso natural invaluable. Es imprescindible, sin embargo, conocer en profundidad esta biodiversidad para lograr así aprovechar todo su potencial. Dentro de esta biodiversidad existe un desconocimiento de la vida microbiana, y sobre todo de su potencial, debido en gran parte a que la mayoría de los microorganismos presentes en el ambiente no son cultivables. En respuesta a esta dificultad ha surgido la metagenómica, estrategia que se define como el análisis del contenido genómico total de una comunidad, ya que complementa enfoques descriptivos y permite acceder y valorizar la riqueza biológica no cultivable. El auge de la genómica se ha dado a la par con el desarrollo de herramientas bioinformáticas que hoy en día hacen posible descripciones globales de sistemas biológicos y sus rutas metabólicas y estudiar procesos que van desde la célula hasta ecosistemas. La presente propuesta de investigación está orientada a consolidar la capacidad nacional para hacer estudios genómicos, y específicamente metagenómicos para explorar y valorar la diversidad microbiana de ambiente extremos, a través de la conformación del Centro Colombiano de Genómica y Bioinformática de Ambientes Extremos (GeBiX) que reunirá los esfuerzos de 16 grupos de investigación en 8 instituciones del país. Se tomará como modelo de estudio el Parque Nacional Natural de los Nevados que contiene diferentes ambientes extremos, como el páramo y manantiales termales. Estos ambientes representan ecosistemas de propiedades únicas y son fuente valiosa de organismos, genes y enzimas que pueden tener una amplia gama de aplicaciones. Para iniciar, se tamizarán librerías por función y por secuencia para identificar productos de interés industrial. La bioinformática permitirá el almacenamiento, procesamiento, la disponibilidad, consulta y administración de la información.  **Resumen:**  Colombia se considera uno de los países con mayor diversidad en el planeta y por consiguiente posee un recurso natural invaluable. Es imprescindible, sin embargo, conocer en profundidad esta biodiversidad para lograr así aprovechar todo su potencial. Dentro de esta biodiversidad existe un desconocimiento de la vida microbiana, y sobre todo de su potencial, debido en gran parte a que la mayoría de los microorganismos presentes en el ambiente no son cultivables. En respuesta a esta dificultad ha surgido la metagenómica, estrategia que se define como el análisis del contenido genómico total de una comunidad, ya que complementa enfoques descriptivos y permite acceder y valorizar la riqueza biológica no cultivable. El auge de la genómica se ha dado a la par con el desarrollo de herramientas bioinformáticas que hoy en día hacen posible descripciones globales de sistemas biológicos y sus rutas metabólicas y estudiar procesos que van desde la célula hasta ecosistemas. La presente propuesta de investigación está orientada a consolidar la capacidad nacional para hacer estudios genómicos, y específicamente metagenómicos para explorar y valorar la diversidad microbiana de ambiente extremos, a través de la conformación del Centro Colombiano de Genómica y Bioinformática de Ambientes Extremos (GeBiX) que reunirá los esfuerzos de 16 grupos de investigación en 8 instituciones del país. Se tomará como modelo de estudio el Parque Nacional Natural de los Nevados que contiene diferentes ambientes extremos, como el páramo y manantiales termales. Estos ambientes representan ecosistemas de propiedades únicas y son fuente valiosa de organismos, genes y enzimas que pueden tener una amplia gama de aplicaciones. Para iniciar, se tamizarán librerías por función y por secuencia para identificar productos de interés industrial. La bioinformática permitirá el almacenamiento, procesamiento, la disponibilidad, consulta y administración de la información. 
 </hidden> </hidden>
  
 +
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Multifractal, FPGA technology and Human genome. ** [[http://eisc.univalle.edu.co]], Universidad del Valle; Bioinformatics and Biocomputation,(2010-2012)>
 +Original title: "Aceleración en hardware del análisis multifractal del genoma humano. SICOP: 2766. Code: CI-2766 ". \\
 +Convocatoria interna SICOP 2766, Universidad Del Valle.
 +</hidden> 
  
 <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **A graphic environment for eukariote gene prediction based on a highly configurable software tool (Genezilla).** Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2011)> <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **A graphic environment for eukariote gene prediction based on a highly configurable software tool (Genezilla).** Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2011)>
Line 82: Line 118:
 [[:Optimización de la predicción de genes de organismos eucariotas, aplicando árboles de decisión y redes bayesianas|more]] [[:Optimización de la predicción de genes de organismos eucariotas, aplicando árboles de decisión y redes bayesianas|more]]
 </hidden> </hidden>
 +
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** FPGA technology and Metabolism. ** [[http://eisc.univalle.edu.co]], Universidad del Valle; Bioinformatics and Biocomputation,(2008-2010)>
 +Original title: "Diseño de una arquitectura hardware para emular la glucólisis usando FPGA". \\
 +Convocatoria interna SICOP 2621, Universidad Del Valle.
 +</hidden> 
  
 <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Genomic cartography of the integration process of provirus HTLV-1.** Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis; Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2009)  > <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Genomic cartography of the integration process of provirus HTLV-1.** Laboratorio de Biología Molecular y Patogénesis; Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2009)  >
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 </hidden> </hidden>
  
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Molecular and genome analysis of sequences and complete genomes. ** [[http://bimac.unicauca.edu.co|Bimac]], Universidad del Cauca; Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2009)> +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Multifractal analysis of the human genome. ** [[http://bimac.unicauca.edu.co|Bimac]], Universidad del Cauca; Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2004-2008)> 
-Original title: "Análisis molecular y genómico de secuencias y genomas completos". \\ +Original title: "Análisis Multifractal del Genoma Humano para la Búsqueda de Regularidades con Sentido Biológico". \\ 
-Colciencias, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, 2007-2009.+Colciencias, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, 2004-2008. Biotechnology Research Grant #1103-12-16765
 </hidden> </hidden>
- 
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} **Fractal analysis of interrupted genes.** [[http://bimac.unicauca.edu.co|Bimac]], Universidad del Cauca; Bioinformatics and Biocomputation, Universidad del Valle (2008)> 
-Original title: Análisis fractal de genes interrumpidos".\\ 
-Universidad del Cauca, Universidad del Valle, 2005-2008  
 </hidden> </hidden>
- 
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- 
 ====== Courses  ====== ====== Courses  ======
 +<hidden>
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Herramientas computacionales de bases de datos biológicas ** > {{ :750107m_herramientas_de_bases_de_datos_biolo_gicas.xxx?200|}}
 +</hidden>
  
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Introduction to Bioinformatics ** > 
 +Original title: "Introducción a la bioinformática"
 +</hidden>
  
 <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Bioinformatics I ** > <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Bioinformatics I ** >
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 para la descripción, análisis y modelación de información biológica, que puede resultar en un mejor para la descripción, análisis y modelación de información biológica, que puede resultar en un mejor
 entendimiento de muchos procesos biológicos.</hidden> </hidden> entendimiento de muchos procesos biológicos.</hidden> </hidden>
 +
 +<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Multifractal scaling in Bioinformatics ** >
 +Biological Sequence Modeling is a most important task in bioinformatics, which applies to DNA, RNA and aminoacid sequences. It is used in many of the typical problems of computational biology, like structure analysis and prediction,  profile constructing of related sequence sets (families). The most successful models used by us are of fractal behavior, because they are able to describe the scalar properties in biological processes: mutations which may conduce to chaotic consequences are generally random driven, making statistic approaches most adequate. 
 +The proposed course therefore emphasizes the use of chaotics models, including fractals, multi fractal, wavelets, Markov Chains, Hidden Markov Models, and their generalization: models based on context free grammars.  The course introduces the general concepts required to understand these models, describes the essential algorithms for their application and illustrates with practical examples their use in biological sequence analysis.
 +<hidden see __Spanish version__  >  **Modelos estocásticos en bioinformática.**
 +La modelación de secuencias biológicas es una tarea importante de la bioinformática, la cual aplica a secuencias de ADN, ARN  y  de aminiácidos. Se usa en muchos problemas típicos de la biología computacional, como lo son el análisis y la predicción de estructuras, la construcción de perfiles  para conjuntos de secuencias relacionadas (familias) o análisis clasificatorio. Los modelos más exitosos son de tipo fractal y multirracial, ya que son capaces de describir la naturaleza escalar inherente  en procesos biológicos: mutaciones que puede conducir a consecuencias autoorganizadas, se deben generalmente a la aleatoriedad, lo que hace los enfoque caótico tan adecuados.  
 +</hidden>
  
 <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Restricted Molecular Dynamics ** > <hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Restricted Molecular Dynamics ** >
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 aprendizaje de máquina (por ejemplo BioMall), donde el estudiante, basándose en datos biológicos, no aprendizaje de máquina (por ejemplo BioMall), donde el estudiante, basándose en datos biológicos, no
 sólo aplica las técnicas, sino que está motivado a sacar conclusiones de tipo informático y biológico. sólo aplica las técnicas, sino que está motivado a sacar conclusiones de tipo informático y biológico.
-</hidden> </hidden> +</hidden></hidden> 
- +
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Stochastic models in Bioinformatics ** > +
-Biological Sequence Modeling is a most important task in bioinformatics, which applies to DNA, RNA and aminoacid sequences. It is used in many of the typical problems of computational biology, like structure analysis and prediction,  profile constructing of related sequence sets (families) or evolutionary analysis. The most successful models are of stochastic type, because they are able to describe the statistic nature inherent in biological processes: mutations which may conduce to evolutionary consequences are generally random driven, making statistic approaches most adequate.  +
-The proposed course therefore emphasizes the use of probabilistic models, including Markov Chains, Hidden Markov Models, and their generalization: models based on context free grammars.  The course introduces the general concepts required to understand these models, describes the essential algorithms for their application and illustrates with practical examples their use in biological sequence analysis. +
-<hidden see __Spanish version__  >  **Modelos estocásticos en bioinformática.** +
-La modelación de secuencias biológicas es una tarea importante de la bioinformática, la cual aplica a secuencias de ADN, ARN  y  de aminiácidos. Se usa en muchos problemas típicos de la biología computacional, como lo son el análisis y la predicción de estructuras, la construcción del perfiles  para conjuntos de secuencias relacionadas (familias) o análisis evolutivo. Los modelos más exitosos son de tipo estocástico, ya que son capaces de describir la naturaleza estadística inherente  en procesos biológicos: mutaciones que puede conducir a consecuencias evolutivas, se deben generalmente a la aleatoriedad, lo que hace los enfoque estadísticos tan adecuados.   +
-El curso propuesto hece por ende énfasis en el uso de modelos probabilísticos, incluyendo cadenas de Markov, modelos ocultos de Markov y su generalización: modelos basados en gramáticas libres de contexto.El curso introduce los conceptos generales que son necesarios para entender estos modelos; describe los algoritmos esenciales para su aplicación; y ilustra con ejemplos prácticos como se usan estos modelos en el análisis de secuencias biológicas.   </hidden>+
 </hidden> </hidden>
  
 +====== Thesis ======  
 +|[[thesis:PhD|PhD Thesis]] | [[thesis:Master|Master Thesis]] | [[thesis:Undergraduate|Undergraduate Thesis]] | [[thesis:New|Ongoing Projects and Opportunities]] | 
  
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Introduction to Bioinformatics ** > +====== Publications ====== 
-Original title"Introducción a la bioinformática"+[[publications:publi_2021|2021]] | [[publications:publi_2020|2020]] | [[publications:publi_2019|2019]] | [[publications:publi_2018|2018]] | [[publications:publi_2017|2017]] | [[publications:publi_2016|2016]] |[[publications:publi_2015|2015]] | [[publications:publi_2014|2014]] | [[publications:publi_2013|2013]] | [[publications:publi_2011|2011]] | [[publications:publi_2010|2010]] | [[publications:publi_2009|2009]] | [[publications:publi_2008|2008]] | [[publications:publi_2007|2007]] | [[publications:publi_2006|2006]] | [[:publications:publi_before_2006| before 2006]] | 
-</hidden>+
  
-<hidden {{:green-expand.gif?nolink,14x14|more}} ** Bioinformatics Tools ** > +====== Software  ======
-Original title: "Herramientas para la bioinformática"+
-</hidden>+
  
 +|[[software:soft_2011|2011]] | [[software:soft_before_2011|before 2011]]|
  
-====== Thesis ======   
-|[[thesis:PhD|PhD Thesis]] | [[thesis:Master|Master Thesis]] | [[thesis:Undergraduate|Undergraduate Thesis]] | [[thesis:New|Research Opportunities]] |  
  
-====== Publications ====== 
-|[[publications:publi_2011|2011]] | [[publications:publi_2010|2010]] | [[publications:publi_2009|2009]] | [[publications:publi_2008|2008]] | [[publications:publi_2007|2007]] | [[publications:publi_2006|2006]] | [[:publications:publi_before_2006| before 2006]] |  
  
-====== Software  ====== 
  
-|[[software:soft_2011|2011]] | [[software:soft_before_2011|before 2011]] | 
  
-====== Awards  ====== +====== Videos and Links====== 
-Caracterización genómica de los sitios de integración de provirus HTVL-I en linfocitos en individuos asintomáticos del suroccidente **Premio Nacional en el área Genética y Biotecnología**.  En el marco del XLIV Congreso Nacional de la Asociación Colombiana de Ciencias Biológicas (Personería Jurídica No05547, Dic16 de 1974 Nit805.014.676-1).  Octubre 10 de 2.009.+*[[https://en.wikipedia.org/wiki/Multifractal_system | Multifractal System]]\\ 
 +*[[https://www.youtube.com/watch?v=bz3ZksC92_0  | Análisis multifractal de genomas]]\\ 
 +*[[http://eiscapp.univalle.edu.co/omicas/ | Proyecto "ómicas" en Cáncer mamario]]\\ 
 +*[[ http://eisc.univalle.edu.co/index.php/grupos-investigacion/bioinformatica | Bioinformatics group at EISC]]\\ 
 +*[[http://eisc.univalle.edu.co  | Programas acadèmicos de posgrados - EISC]]\\ 
 +*[[https://cisgebi.com/cisgebi/introduccion/  | CISGEBI]]\\
  
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